HALO™ SARS-2 Omicron Direct PCR kit, для выявления общей РНК коронавируса COVID-19, а также его генетических линий В.1.617.2 (дельта штамм SARS-CoV-2) и B.1.1.529 (омикрон штамм SARSCoV- 2)

HALO™ SARS-2  Omicron Direct PCR kit
(Кат.№ H-SARS2-d.o.)(комплектация BIT)
НАЗНАЧЕНИЕ ТЕСТ-СИСТЕМЫ
Тест-система «HALO SARS-2» в комплектации BIT предназначена для выявления общей РНК коронавируса COVID-19, а также его генетических линий В.1.617.2 (дельта штамм SARS-CoV-2) и B.1.1.529 (омикрон штамм SARSCoV-2) на основе характерных для них мутаций методом одностадийной ОТ-ПЦР c детекцией результатов в режиме «реального времени» в лабораторной клинической практике.
Тест система «HALO SARS-2» предназначена для использования квалифицированными лабораторными работниками в соответствии с установленными региональными нормативами.
ХАРАКТЕРИСТИКА ТЕСТ-СИСТЕМЫ
Тест-система «HALO SARS-2» является высокочувствительной тест-системой для выявления РНК SARS-CoV-2: лимит детекции составляет 5 геном-эквивалентов в реакции ОТ-ПЦР.
Тест-система «HALO SARS-2» позволяет выявлять и дифференцировать мутации в S-гене: del 69-70 (характерна для штамма B.1.1.529, омикрон) и del 156-157 (характерна для штамма В.1.617.2, дельта).
В тест-системе «HALO SARS-2» значительно снижен риск ошибки оператора на всех этапах работы за счет использования идентичных и простых протоколов тест-систем серии «HALO».
В тест-системе «HALO SARS-2» используется быстрый протокол амплификации, который позволяет за 60–80 минут получить достоверные результаты исследования, что существенно повышает поточность лабораторных анализов.
Тест-системы «HALO SARS-2» с эндогенным ВКО позволяет проводить анализ качества забора биологического материала.
Комплектация тест-системы «HALO SARS-2» с эндогенным ВКО рассчитана на проведение 100 реакций и указана в таблице 1.

Таблица 1. Состав тест-системы «HALO™ SARS-2 Omicron Direct PCR kit» с эндогенным ВКО

Результат амплификации РНК возбудителя регистрируется на каналах HEX/VIC/Yellow, ROX/Orange, Cy5/Red, результат амплификации внутреннего контроля регистрируется на канале FAM/Green.

МЕРЫ ПРЕДОСТОРОЖНОСТИ
При работе с тест-системой необходимо соблюдать текущие ТНПА в области лабораторной клинической ПЦР-диагностики.
ОБОРУДОВАНИЕ И МАТЕРИАЛЫ
– амплификатор с детекцией результатов в режиме «реального времени»;
– ПЦР-бокс;
– центрифуга/вортекс;
– набор дозаторов переменного объема;
– одноразовые наконечники с фильтром для дозаторов переменного объема;
– одноразовые полипропиленовые закрывающиеся пробирки объемом 1,5–2,0 мл;
– оптические пробирки для ПЦР-РВ, адаптированные для используемого амплификатора;
– штативы для пробирок и наконечников;
– холодильник от +2 °С до +8 °С с морозильной камерой от минус 24 °С до минус 16 °С;
– отдельный халат и одноразовые перчатки;
– емкость для сброса наконечников;
– комплект средств для обработки рабочего места.
ПРОВЕДЕНИЕ АНАЛИЗА
Подготовка образца и экстракция РНК
В качестве клинического материала используются мазки из носоглотки и ротоглотки помещенные в физраствор или PBS. Отбор образцов производится в соответствии с существующими ТНПА. Перед отбором мазков не допускается проведение гигиенических процедур носоглотки и ротоглотки (в том числе чистка зу-бов, полоскание и т.п.), а также
обработка медицинскими препаратами. Не допускается замораживание об-разцов. Перед постановкой ПЦР образцы необходимо встряхнуть.
Подготовка ПЦР-смеси
0. Разморозить все реагенты (при необходимости), перемешать (перевернув пробирки несколько раз) и сбросить капли с помощью кратковременного центрифугирования.
I. В каждую постановку амплификации помимо исследуемых образцов (N) должны входить 2 контрольных образца:
отрицательный контроль ПЦР (К-), положительный контроль ПЦР (К+).
В пробирке объемом 1,5-2 мл приготовить «Мастер Микс»:
5*(N+1) мкл ОТ-ПЦР-реагента + 15*(N+1) мкл праймеров
Где N – общее количество реакций амплификации с учетом контрольных образцов.
II.Перемешать «Мастер Микс» путем 5-ти кратного переворачивания пробирки, осадить кратковременным центрифугированием и внести по 20 мкл в пробирки для проведения ПЦР.
III. В подготовленные пробирки добавить по 5 мкл исследуемых мазков.
IV. Поставить контрольные реакции амплификации:
1) К- – внести в пробирку 5 мкл ОКО;
2) К+ – внести в пробирку 5 мкл ПКО.

Герметично закрыть пробирки крышками. В случае наличия пузырьков в растворе или капель на стен-ках пробирок – удалить кратковременным центрифугированием.
Настройка инструмента
1. I.Поместить подготовленные для проведения ПЦР пробирки в амплификатор.
2. II.В соответствии с инструкцией к прибору запрограммировать амплификатор согласно
таблице 2.

Таблица 2. Параметры амплификации

III.В соответствии с инструкцией к прибору запрограммировать положение пробирок в амплификаторе. Также допускается выполнять данный шаг во время проведения амплификации или по ее окончанию, если это позволяет программное обеспечение прибора.
IV.Дать название эксперимента и сохранить его на диске (в этом файле будут автоматически сохранены результаты данного эксперимента). Запустить амплификатор*.
*Для приборов «Rotor-Gene» перед запуском выбрать функцию: «Perform Calibration Before 1st Acquisition/Perform Optimization Before 1st Acquisition/ Выполнить оптимизацию при 1-м шаге детекции». Для всех каналов установить параметры «Min Reading/Миним. Сигнал» – 5Fl и «Max Reading/ Максим. Сигнал» – 10Fl.
Анализ результатов
I.Перед началом анализа необходимо задать настройки в соответствии с инструкцией к прибору.
а) для приборов типа «Rotor-Gene»:
–установить значение параметра выбросов («NTC threshold/Порог Фона») – 5%. При необходимости порог фона может быть изменен в диапазоне 0–30 %;
–установить значение параметра пороговой линии («Threshold/Порог») – 0,02. При необходимости порогможет быть изменен в диапазоне 0,02–0,2; при необходимости допускается активация функций «Dynamic tube/Динамич.фон» и «Slope Correct/Кор-рек.
Уклона».
б) для приборов «Bio-Rad CFX96»:
–установить значение параметра пороговой линии («Single Threshold») – 50. При необходимости порог может быть изменен в диапазоне 25–500;
в) для приборов «Quant Studio 5»: – установить значение параметра пороговой линии («Single Threshold») – 10 000. При необходимости по-рог может быть изменен в диапазоне 2 000 – 20 000;
Интерпретация результатов

Контроль качества
В случае несоответствия контрольных точек К- и К+ необходимо провести повторное исследование всех образцов
начиная со стадии постановки ПЦР.
Таблица 3. Оценка результатов анализа контрольных точек

Выбрать логарифмическую шкалу для отражения результатов и визуально проконтролировать пересечение пороговой линии в линейной части роста кривой амплификации. При пересечении пороговой линии с кривой амплификации не в линейном участке – переместить ее вручную до необходимого уровня.
Результаты анализа интерпретируются на основании наличия/отсутствия пересечения кривой флуоресценции с пороговой линией (что соответствует наличию/отсутствию значения порогового цикла «Ct» в соответствующей графе в таблице результатов). Удостовериться, что ПЦР-исследование валидно: контрольные точки анализа должны соответство-вать значениям, приведенным в таблице 3.
4. Интерпретировать результаты ПЦР-анализа исследуемых образцов в соответствии с таблицей 4.
Таблица 4. Интерпретация результатов образцов

«–» обозначает отсутствие значения «Сt», график амплификации не пересекает пороговую линию
«+» обозначает наличие значения «Сt», график амплификации пересекает пороговую линию
«+/–» значение «Сt» для данного канала не анализируется

В случае невалидного результата требуется повторно провести ПЦР-исследование соответствующего
образца начиная с этапа экстракции РНК или со стадии забора материала у пациента.
ПРОБЛЕМЫ ПРИ РАБОТЕ И МЕТОДЫ ИХ УСТРАНЕНИЯ

ТРАНСПОРТИРОВКА И ХРАНЕНИЕ ТЕСТ-СИСТЕМЫ
– Транспортировка тест-системы осуществляется при температуре окружающей среды, но не выше 37 °С (до 5 суток) или при температуре +2–8 °С (до 30 суток). Допускается транспортировка любым видом транс-порта в условиях, обеспечивающих сохранность, в соответствии с правилами перевозки грузов, действующими на данном виде транспорта.
– Тест-систему хранят в упаковке изготовителя при температуре от –24 °С до –16 °С.
– Допускается заморозка/оттаивание компонентов тест-системы до 10 раз.
– Срок годности тест-системы «HALO SARS-2» – 12 месяцев с даты изготовления.